あらすじ：　タートルズのもとに美人TVキャスター、エイプリルが骨董店で手に入れた奇妙な笏（しゃく）を持ってきた。実はその笏には不思議な力があり、エイプリルはタイム・スリップしてしまう。彼女がたどり着いたのは1603年、戦国時代の日本。エイプリルは大名ノリナガに魔女と思われ牢にいれられてしまう。一方、ノリナガの息子ケンシンはエイプリルと入れ替わりに現代のニューヨークにタイム・スリップしていた。タートルズたちはエイプリルを救出するため、タイム・トラベルをして日本の戦国時代に向かう。そんな彼らを、悪徳大名や海賊など強敵たちが待ち受ける。果たしてタートルズは無事、エイプリルを救い出し、一緒に現代に戻ることができるのか…？